suite2p package

Subpackages

• suite2p.classification package
  • Submodules
  • suite2p.classification.classifier module
  • suite2p.classification.classify module
  • Module contents
• suite2p.detection package
  • Submodules
  • suite2p.detection.anatomical module
  • suite2p.detection.chan2detect module
    • cellpose_overlap()
    • correct_bleedthrough()
    • detect()
    • intensity_ratio()
    • quadrant_mask()
  • suite2p.detection.denoise module
  • suite2p.detection.detect module
  • suite2p.detection.metrics module
  • suite2p.detection.sourcery module
    • circleMask()
    • connected_region()
    • create_neuropil_basis()
    • drawClusters()
    • extendROI()
    • getSVDdata()
    • getSVDproj()
    • getStU()
    • getVmap()
    • get_connected()
    • get_stat()
    • iter_extend()
    • localMax()
    • localRegion()
    • minDistance()
    • morphOpen()
    • pairwiseDistance()
    • postprocess()
    • r_squared()
    • sourcery()
    • sub2ind()
  • suite2p.detection.sparsedetect module
    • EstimateMode
      • EstimateMode.Estimated
      • EstimateMode.Forced
    • add_square()
    • estimate_spatial_scale()
    • extendROI()
    • extend_mask()
    • find_best_scale()
    • iter_extend()
    • multiscale_mask()
    • neuropil_subtraction()
    • sparsery()
    • square_convolution_2d()
    • two_comps()
  • suite2p.detection.stats module
    • EllipseData
      • EllipseData.area
      • EllipseData.aspect_ratio
      • EllipseData.cov
      • EllipseData.dx
      • EllipseData.dy
      • EllipseData.ellipse
      • EllipseData.mu
      • EllipseData.radii
      • EllipseData.radius
    • ROI
      • ROI.do_crop
      • ROI.filter_overlappers()
      • ROI.fit_ellipse()
      • ROI.from_stat_dict()
      • ROI.get_mean_r_squared_normed_all()
      • ROI.get_n_pixels_normed_all()
      • ROI.get_overlap_count_image()
      • ROI.get_overlap_image()
      • ROI.lam
      • ROI.mean_r_squared
      • ROI.mean_r_squared0
      • ROI.mean_r_squared_compact
      • ROI.med
      • ROI.n_pixels
      • ROI.npix_soma
      • ROI.ravel_indices()
      • ROI.rsort
      • ROI.solidity
      • ROI.soma_crop
      • ROI.stats_dicts_to_3d_array()
      • ROI.to_array()
      • ROI.xpix
      • ROI.ypix
    • aspect_ratio()
    • count_overlaps()
    • distance_kernel()
    • filter_overlappers()
    • fitMVGaus()
    • mean_r_squared()
    • median_pix()
    • norm_by_average()
    • roi_stats()
  • suite2p.detection.utils module
    • downsample()
    • hp_gaussian_filter()
    • hp_rolling_mean_filter()
    • mask_ious()
    • mask_stats()
    • match_masks()
    • square_mask()
    • standard_deviation_over_time()
    • temporal_high_pass_filter()
    • threshold_reduce()
  • Module contents
• suite2p.extraction package
  • Submodules
  • suite2p.extraction.dcnv module
    • oasis()
    • oasis_matrix()
    • oasis_trace()
    • preprocess()
  • suite2p.extraction.extract module
  • suite2p.extraction.masks module
    • create_cell_mask()
    • create_cell_pix()
    • create_masks()
    • create_neuropil_masks()
  • Module contents
• suite2p.gui package
  • Submodules
  • suite2p.gui.buttons module
  • suite2p.gui.classgui module
  • suite2p.gui.drawroi module
  • suite2p.gui.graphics module
  • suite2p.gui.gui2p module
  • suite2p.gui.io module
  • suite2p.gui.masks module
  • suite2p.gui.menus module
  • suite2p.gui.merge module
  • suite2p.gui.reggui module
  • suite2p.gui.rungui module
  • suite2p.gui.traces module
  • suite2p.gui.utils module
  • suite2p.gui.views module
  • suite2p.gui.visualize module
  • Module contents
• suite2p.io package
  • Submodules
  • suite2p.io.binary module
  • suite2p.io.h5 module
  • suite2p.io.nd2 module
  • suite2p.io.nwb module
  • suite2p.io.save module
  • suite2p.io.sbx module
  • suite2p.io.server module
  • suite2p.io.tiff module
  • suite2p.io.utils module
  • Module contents
• suite2p.registration package
  • Submodules
  • suite2p.registration.bidiphase module
  • suite2p.registration.metrics module
  • suite2p.registration.nonrigid module
  • suite2p.registration.register module
  • suite2p.registration.rigid module
  • suite2p.registration.utils module
  • suite2p.registration.zalign module
  • Module contents

Submodules

suite2p.default_ops module

suite2p.run_s2p module

suite2p.version module

Module contents